Geschiedenis Santorini. Santorini werd al vanaf ongeveer het jaar 3.000 voor Christus bewoond, in die tijd heette het nog Kalisti. De ontdekking van de Minoïsche nederzetting in het plaatsje Akrotiri in het zuiden van Santorini bewijst dat er al leven op Santorini was, ver voor 1500 voor Christus, toen een gigantische vulkaanuitbarsting het eiland heeft verwoest. De muurschilderingen die onder het as puin van Akrotiri te voorschijn kwamen waren in dezelfde stijl als die van het Minoïsche Kreta en de paleizen van Festos en Knossos. Vóór deze uitbarsting was Santorini een rond eiland en heette het "Strongili" wat "Rondvormige" betekent. Door de grote vulkaanuitbarsting is een groot deel van het eiland helemaal verdwenen en heeft het de vorm van een halve maan gekregen. Het eiland Thirassia ten westen van Santorini maakte toen nog deel uit van het ronde eiland (zie kaart). Later in het jaar 157 en in het jaar 1570 na Christus hebben andere vulkaanuitbarstingen nieuwe eilanden doen ontstaan, de eilanden Nea en Palia Kameni. Ook na de uitbarsting van 1925 en 1926 zijn er weer nieuwe eilanden uit het water gerezen tegen Nea Kameni aan.
In het begin van 1.000 voor Christus, kwamen onder leiding van Thira (naam van de leider) de Doriers op het eiland wonen. Thira werd de eerste koning en noemde het eiland naar zichzelf (Thira) en stichtte de gelijknamige stad. Hij was zeer geliefd en ook na zijn dood werd hij aanbeden. Later kwamen ook de Miniërs, een Grieks volk uit Viotia, op het eiland wonen. Tussen hen en de Doriers boterde het niet en in de 7e eeuw voor Christus werden de Miniërs van het eiland verdreven en zij vertokken naar Noord Afrika (het huidige Lybie) waar ze de stad Cyrene oprichtten.
Aan de Perzische Oorlogen van 490 v.Chr tot 480 v.Chr. en van 479 v.Chr tot 449 v.Chr. heeft Thira niet deelgenomen, wel aan de Peloponessische Oorlog (431 voor Christus tot 404 v. Chr), de strijd tussen de oude stadstaten Athene en Sparta. Toen heeft het respectievelijk aan de zijden van zowel Sparta als van Athene gevochten.
Toen Ptolemeus het Koninkrijk van Egypte stichtte werd Santorini een havennederzetting van Egypte tot 146 v.Chr. Later kwam Santorini in de handen van Romeinen, daarna kwamen de Byzantijnen. In 1204 kwam het eiland in handen van de Venetianen en rond deze tijd kreeg het pas de huidige naam "Santorini". Het kerkje van Santa Irini (Agia Irini) bevindt zich op het eilandje Thirassia.
Van 1336 tot 1579 werd het eiland onderdeel van het Hertogdom van Naxos. In 1579 werd het eiland door de Turken bezet en pas in de 19e eeuw en na de opstand van de Grieken in 1821 kreeg Santorini weer zijn vrijheid.